新米ポケモンマスター・ケンタは、幼なじみのマリナとポケモンセンターで再会し、互いの腕を確かめようとバトルを始める。しかし、激しい雷雨と、クリスタルシステム（でんきタイプのポケモンを引き寄せる装置）を使うロケット団の幹部、バショウとビソンの出現により中断される。彼らの目的は、シラヌイ博士の指示のもと、ポケモンをサカキのもとへ連れ戻すこと。この計画を偶然知ったケンタとマリナは阻止を試みるが、伝説のポケモン・ライコウが捕らえられてしまい、事態はより困難なものとなる。