トレーナーに遊びに出してもらったピカチュウとポッチャマは、他のポケモン仲間とはぐれてしまう。そこに現れたエネコと共に、不思議な次元への旅へ。気づけば、グレッグル、ロケット団のポケモン、そして誰かに歌を聞いてほしいと切望するマリルまでが、一行を密かに追っていた…