高校一年生の折木奉太郎には、ただ一つの目標がある。できるだけエネルギーを節約し、灰色の生活を送ることだ。しかし、彼の平穏な日々は、姉の折木供恵が、廃部寸前の古典部を存続させるよう彼に強要したことで終わりを告げる。 幸い、奉太郎の窮地は、部室に向かい、同学年の一年生である千反田えるが既に入部していることを知ったことで、終わったかに思えた。しかし、義務は果たされたにもかかわらず、奉太郎はえるの好奇心旺盛で活発な性格に巻き込まれ、やがて自らの意思で古典部に入部することになる。 ほどなくして、奉太郎の友人である福部里志と伊原摩耶花が加わり、古典部の部員は四人となった。えるの飽くなき好奇心に突き動かされ、古典部の面々は、日常に潜む些細ながらも興味深い謎を解き明かしていく。