全人類が神秘的な現象によって一瞬で石化されてから数千年—— 超人的な頭脳を持つ、生まれながらの科学少年・千空が目を覚ました。 文明が滅んだ石の世界（STONE WORLD）で、千空は科学の力で世界を復元すると決意する。同時に目覚めたのは、並外れた体力を持つ幼なじみ・大木大树をはじめとする仲間たち。ゼロから文明を創り上げる—— 石器時代から現代文明まで、科学史200万年の差を必ず取り戻す！ 未曾有の創世冒険譚、ここに開幕！