全52話のアニメシリーズ。アメリカで制作・放送され、革新的な3Dアニメーション技術を採用。日本版はアメリカ版の吹き替え輸出バージョンである。アメリカ版では第1シーズン26話（SEASON 1）、第2シーズン13話（SEASON 2）、第3シーズン13話（SEASON 3）に区分される。日本版では第2・第3シーズン計26話を「BEAST WARS METALS」と称する。中国では全話一括放送され、「超能勇士」と訳された。 オートボットの子孫であるマキシマル（香港版訳：密斯姆）とディセプティコンの子孫であるプレダコン（香港版訳：巴達乾）の戦いは続いていた。マキシマルリーダーのオプティマスプライマル（香港版訳：奧迪武）は分隊を率いてプレダコンリーダーのメガトロン（香港版訳：麥卡頓）を追撃、両者は時空を超えて先史時代の地球に到達し墜落する。地球のエネルギー干渉に対抗するため、彼らは自らを野獣形態（ビーストモード）へと変形させ、ビーストウォーズが勃発した。両陣営は地球で異星人の仕掛けを次々と発見し、異星人との戦いの中で一部のトランスフォーマーは恒久的なトランスメタル（TRANS METALS）へと変化、戦闘は激化する。メガトロンは古代戦艦アークを発見し、眠りについたオプティマスプライマスを破壊して歴史を改変しようと企む。オプティマスプライマルは戦闘中にオプティマスプライマスの力を吸収してトランスメタル2へ進化し、メガトロンもメガトロンの力を吸収して赤い火竜へと進化する。異星人が介入するも撃退される。メガトロンはついにディセプティコンの古代戦艦ネメシスを発見し、これを操縦してアークを破壊しようとする。最終的にネメシスは撃墜され、メガトロンは捕縛、マキシマルはセイバートロン星へ帰還する。