ハロウィンの夜、宇宙から来た謎の液体に汚染されたカボチャの怪物が暴れまわり、スーザン・マーフィー（声：リース・ウィザースプーン）の故郷の町に前代未聞の大災厄をもたらした。仲間たちとの協力の末、スーザンたちはついにカボチャの怪物を撃退したが、地元のニンジン畑もまた液体に汚染され、牙をむくニンジン怪が誕生してしまう。先に犠牲となったカボチャの先輩たちとは違い、不運なニンジン怪は生まれた瞬間から災難続きだった。まずはうっかりと柵にぶつかり、次には神経の太いBOB（声：セス・ローゲン）に散々叩きのめされる。しかしその威力は侮れず、スーザンの父（声：ジェフリー・タンバー）が最初にゾンビ植物人間に変えられ、続いてモンゴ将軍（声：キーファー・サザーランド）も感染してしまう。 人影絶えた町で、ロスト・ガイ（声：ウィル・アーネット）、BOB、カマキリ博士（声：ヒュー・ローリー）が、おかしくてドタバタな防衛戦を繰り広げる……