『ミラクル☆トレイン～大江戸線へようこそ～』は、「ミラクルトレイン～中央線へようこそ～」に続く、新たなバージョンです。 最初のプロジェクトが中央線の駅を題材としていたのに対し、この新作アニメおよび関連ストーリーは、都営大江戸線を舞台としています。そのため、新たなキャラクターたち——六本木史、新宿輪太郎、月島十六夜、汐留イク、都庁前咲、そして両門一純——が物語を紡ぎます。