時は「大海賊時代」。故郷「東の海」に危機が迫ると知った麦わらの一味は、冒険を一時中断し東の海へ戻ろうとしていた。その時、空に謎の海賊船が現れる。ナミが間もなく暴風雨が来ると予測し、その船から投げ落とされた「トーン貝」を使って警告を発すると、やがて暴風雨が過ぎ去った。すると、海賊船の主「金獅子」シキがサウザンドサニー号に現れ、自身の「フワフワの実」の能力でルフィたちを東の海へ送り返すと言い出す。礼として申し出たその言葉に、ルフィたちは大喜び。しかし途中、シキは突然サウザンドサニー号の浮力を解除し、その隙にナミを攫ってしまう。シキは、ナミが身体で気候を感知できる能力に目をつけ、彼女を自身の海賊団の航海士にしようと企んでいたのだ。一方、ルフィたちはサウザンドサニー号ごと上空から浮遊島「STRONG WORLD」へ墜落。散り散りになった仲間たちは、島に生息する様々に進化した凶暴な珍獣たちとの戦いを強いられる。 伝説の海賊「金獅子」シキ。その実力は「海賊王」ゴール・D・ロジャーや「白ひげ」エドワード・ニューゲートと並び称され、ロジャーの時代から大暴れを続けてきた伝説の海賊である。20年前、「深海大監獄」インペルダウンから史上初の脱獄に成功した囚犯でもあり、脱獄後20年、全世界への復讐を誓ったシキが、その第一歩として標的としたのが東の海の壊滅だった。故郷と仲間を守るため、「海賊王」を目指すルフィとシキの頂上決戦が始まる。果たして、この海を制するのはいずれか――？