高校三年生の紺野真琴は、将来の進路に悩んでいた。教師からのプレッシャーに耐えながら、親友たちとつかの間の時間を過ごす日々。そんな彼女の人生は、時間を文字通り「飛び越える」能力を偶然手に入れたことで、一変する。 『時をかける少女』は、新たな力を使って遊びまわる真琴を描く。しかし、やがて彼女は、全ての選択には結果が伴うこと、そして時間は思っている以上に複雑なものであることを、苦い経験を通して学んでいく。