ジャック・アトラスとクロウ・ホーガンと共に走行中、不動遊星のスターダスト・ドラゴンは、ターボデュエル中に未来から来た謎のターボデュエリスト・パラドックスに捕らえられ、邪悪なシンモンスターへと変えられてしまう。クリムゾン・ドラゴンの力により、遊星はタイムスリップに入ったパラドックスを追い、過去へと辿り着く。その時、パラドックスは、まだユベルと覇王の力を行使できる遊城十代とデュエルを繰り広げていた。しかし、パラドックスは既にサイバー・エンド・ドラゴンとレインボー・ドラゴンも手中に収めており、十代を圧倒する。遊星とクリムゾン・ドラゴンの介入により十代は救われる。十代は遊星にパラドックスの真の目的を伝える。彼は時空を超えて様々なモンスターを奪い、闇に染めることで、デュエルモンスターズの生みの親であるペガサス・J・クロフォードを殺害し、このゲームそのものが誕生することを阻止しようとしている。それにより、三つの時代に渡る全ての物語が、最初から存在しなくなるという。 遊星と十代はパラドックスを追うことを決意し、さらに過去へと向かう。そこで彼らは、遊戯王こと武藤遊戯との出会いを果たす。しかし、遊星と十代が到着した時、パラドックスは既にこの時代を襲撃し、ペガソスと遊戯の祖父を殺害したとされ、さらにブルーアイズ・ホワイト・ドラゴンとレッドアイズ・ブラック・ドラゴンをも奪取していた。全てを説明された遊戯は、遊星と十代と共にパラドックスに立ち向かうことを決意する。閉じ込められたモンスターを解放し、世界と時空そのものを救うため、究極の三対一デュエルが、時が尽きる前に始まろうとしていた。