ガビア帝国の独裁者ダリウス皇帝が強大な軍事力で、世界征服を推し進める未来。海洋研究に夢を抱く若者リッキーは、海底に眠る古代都市アトランティスの調査を進めていた。親友ベンとともに潜航艇に乗ってアトランティスに向かうリッキーは、何者かの手で潜航艇を沈められ、潜水艦ノーチラス号のネモ船長に救われた。船長とともにアトランティスを目指すリッキーだが。