『功夫小兔侠』は、神秘的な学校「神府学校」の台頭を描く。なぜ武術学校の教師や生徒たちが次々と神府学校に引き寄せられていくのか？この学校には一体どんな陰謀が隠されているのか？兔二と仲間たちは、この危機をどう乗り越えるのか？