2071年、全世界にナノマシンを基盤とする集合体が出現し、世界はこれを「Weapons Of Raid Machine」〈W.O.R.M./虫〉と呼んだ。W.O.R.M.の出現は、人類に対する一連の壊滅的攻撃の始まりとなり、製油所、発電所、軍事基地を次々と破壊していった。 2073年、全世界の人口は約3分の1を失い、各国政府は人類統合軍を結成してW.O.R.M.への反撃を開始した。 2074年、冷静さを失った人類は、大規模破壊兵器を用いてW.O.R.M.を攻撃し、ついにこれを殲滅したが、代償はあまりにも大きかった。主要大陸は分裂し、南極大陸は消滅、地表の50%が水に覆われ、20～30歳の男性の9割以上が姿を消した。 2084年、軍に徴用された二人の少女と、自らの目的のために行動する一人の少女が追浜基地に集い、大空を翔ける夢の旅が始まる。