ジャンプ・スーパーアニメツアー2002（2001年秋冬）で上映。スタッフなどはテレビアニメ版と同一。その後、2002年の『週刊少年ジャンプ』8号から10号にて読者全員プレゼント企画でビデオが頒布された。また、2009年11月発売のDVD-BOX「『ヒカルの碁』全集」にて初DVD化されている。本作のみ手書きのセル画によるアニメになっておりデジタル制作されたテレビアニメ版とは雰囲気が異なる。