人気のレーシングゲーム『F-ZERO』を、オリジナル展開でアニメ化。西暦2201年、人々は宇宙に進出し、科学もますます発達していた。この時代、人々が熱狂しているのが、専用のマシンとサーキットを使用する、未来世界のF-1レース「F-ZERO」であった。多額の賞金と名誉を求めて、サーキットに集うレーサーたち。その中でも、特に人気の高いのが新人レーサーのリュウ・スザクと謎の覆面パイロット、キャプテンファルコンだった。しかし、リュウには知られざるもうひとつの顔があったのだ…。