西暦2087年、人類の「再生」を掲げて地球支配を目論む月面帝国ギガノスが、地球連邦軍に宣戦布告をした。ギガノス軍のコロニー侵攻作戦の最中、偶然にも民間人である三人の青年は、極秘開発された三体のメタルアーマー「ドラグナー」を発見する。彼らはその機体に乗り込み、迫り来る敵軍との戦いに身を投じていく。