警笛の鋭い鳴り響き……警察と記者たちが暗い夜の中を疾走する……天使の彫刻が施された塔の頂上で、背中に翼を生やした二人の人影が激しく戦っていた。 悪魔の翼を持つ怪盗ダークと、天使の翼を持つクラッドは、塔の中で命を懸けた戦いを繰り広げていた。ダークの緻密な策略により、クラッドは封印の力を持つ黒曜石へと打ち込まれる。時計の針がちょうど12時を指した瞬間、ダークはクラッドを黒曜石の中に封印した。しかし、クラッドとダークは同一人物の異なる二つの側面であり、クラッドが封印された同時に、ダーク自身もまた封印されてしまった。 それから40年後、祖父と母の尽力により、封印されていたダークは14歳の丹羽大助の体内で目覚める。その覚醒の鍵となったのは、なんと大助が想いを寄せる少女――原田梨紗の写真だった。40年ぶりに伝説の大怪盗ダークがこの世に再び現れた…… ある偶然の発見から、大助のクラスメイトである日渡怜は、大助が巧妙に設定された暗号を解くという不思議な能力に気づき、大助に注目する。彼は大助こそが復活した怪盗ダークの宿主ではないかと疑い始めた。しかも、彼が疑うのにはもう一つの理由があった~~~ 伝説の怪盗を巡る物語はこうして始まった。果たして大助は、どのようにしてダークに変身し任務を遂行しながら、正体を悟られずにいられるのか？クラスメイトの日渡怜の正体とは何か？なぜ彼はあらゆる手を尽くして怪盗ダークを捕らえようとするのか？ すべての真実を解き明かそう……