壊滅的な干ばつの瀬戸際に立たされた新ヨゴ皇国の星読みたちは、広範な飢饉を回避する策を講じなければならない。古の神話には、初代皇帝が八人の勇士と共に水の魔物を討ち、大干ばつを防ぎ、新ヨゴとなる土地を救ったと記されている。もし再び水の魔物が現れれば、その死は救いをもたらすかもしれない。しかし、水の魔物は皇帝の息子、チャグム皇子の体内に顕現した。皇帝の命により、帝国を救うためチャグムは生贄に捧げられることとなる。 一方、謎の槍使いの傭兵、バルサが用事で新ヨゴを訪れていた。巧妙に偽装された暗殺の企てからチャグムを救った彼女は、皇子の母より皇帝とその追手から皇子を守るよう依頼される。かつて立てた神聖な誓いに縛られ、バルサはこれを受け入れる。 『精霊の守り人』は、バルサがチャグムを守る旅に出る中で、生命や自然、家族、見知らぬ者同士で結ばれる絆の美しさを描いていく。