遥か昔、強大で繁栄した王国「大地の剣王国」は混乱に陥った。王の二人の息子は互いに争い、伝説の使い魔レシラムとゼクロムの力を解き放ち、王国にエネルギーを供給していた「竜脈」を乱してしまった。幻のポケモンビクティニの力により均衡は回復され、竜脈は「大地の剣」によって封じられた。しかし剣が動かされれば、再び破滅が訪れるという。 今は散り散りになった大地の剣の民の末裔であるダモンは、民の王国をかつての栄光へと導こうと企む。彼は伝説のポケモン・ゼクロムを召喚することに成功し、大地の剣を引き抜いて自ら竜脈の力を手に入れようとする。 一方、サトシとその仲間たちは、大地の剣のふもとに位置するイッシュ地方のアイリスタウンを訪れていた。ダモンの企みに直面した彼らは、大地の剣の守護者ビクティニに手を貸し、計画が成就すること、そして千年前に起きた悲劇の再現を食い止めようとする。 [Written by MAL Rewrite]