機械化帝国は生命を重視しない機械帝国であり、その首領は機械神で、惑星を占領し機械化することを使命としている。地球を除き、月を含む太陽系全体はすでに機械化されていた。 峰崎拳一、立花浩美、朝岡忍は、すべて春風小学校の六年生である。彼らが学校に戻って始業式に参加したまさにその時、機械化帝国の第一機械王ギア王が地球への攻撃を開始した。峰崎拳一たちが襲われそうになったその時、地球を守護するエドランが時空の裂け目を開き、三人は六千四百万年前の世界へと戻った。時の人エドランはすでにほとんど全てのエネルギーを使い果たしており、彼は三体の恐竜型メカを彼らに託した。 この度、地球を守り機械化帝国に対抗する重任は、春風学園六年二組の肩にかかったのである。 ギア王は度重なる失敗により、機械神の信頼を失い、最後の戦いでは新たな機械王エレキ王に殺されてしまう。エレキ王は機械神から与えられた黒い戦神に乗り込みゴウザウラーと対決、力を重視する彼は、しばしば軍事兵器を機械獣に変えて利用したが、ある戦いで重傷を負い、黒い戦神と同化するも、最後には戦死した。 機械神が送り込んだ三番目の機械王エンジン王は、最強の力を探すことを己の使命とした。しかし最後の瞬間、機械神への反逆を企てたために、自身の機械の息子ジョータムを巻き添えにしてしまう。また、自爆する機械城を防ごうとしてゴウザウラーに体を貫かれ、壮烈な最期を遂げた。 機械城の大爆発により、時空の洞穴が引き起こされ、時系列が大きく乱れ、地球は機械化されてしまったため、一同は過去へと戻る。実は当初、機械化帝国が最初に地球へと送り込んだアトム王は、エドランの攻撃に次々と敗退し、消滅させられそうになった時にジョータムの頭部（時空の穴に巻き込まれたもの）を拾い上げた。ジョータムの頭部にはゴウザウラーの大量のデータが保存されていたため、アトム王はこれらのデータに基づいて暗黒ゴウザウラーを製造し、エドランを逆転勝利に導いた。最後に一同はアトム王を消滅させ、時系列を正常に戻すと同時に、彼らは恐竜滅亡の法則を目の当たりにした。 機械神は次々と複数の機械王を失ったため、大量のエネルギーを使って四大機械王を再製造し、彼らに無限のエネルギーを与え、自由に巨大化でき、敗れても復活し、自由に合体できるようにした。しかし、彼らが何度も失敗した後、機械神は彼らを消滅させ、自ら地球に到達してゴウザウラーと最後の決戦を繰り広げた。 生徒たちは反機械化装置を改良し、ゴウザウラーのエネルギーで地球および各機械化された惑星を正常に戻し、情勢を逆転させ、最後には一挙に機械神を消滅させ、機械化帝国を滅ぼした。