物語の主人公は北海道の学生シュージ。彼のクラスメートであるチセは、物語の始まりですでにシュージに告白していた。しかし、チセの内気な性格とシュージの口下手さゆえに、二人は交換日記を通じて恋人関係を始めることになった。 ある日、シュージが友人と札幌へ買い物に出かけたとき、正体不明の爆撃機が札幌を激しく空襲した。シュージと友人が身を隠す場所を探していると、彼は小さな高速飛行物体が敵軍の爆撃機を攻撃するのを目撃する。友人とはぐれた後、シュージは廃墟の中をさまよう。瓦礫の山で、翼と武器を増殖させ、心臓の鼓動が止まり、ぼろぼろの服を着たチセを見つけたとき、彼女は自分が日本自衛隊の「最終兵器」になったことを告げる。こうして物語は始まる…… 北海道の無名の町、恋心が芽生える中学生たち。これが末世の前の穏やかさだとは、誰が予想できただろうか。ハンサムだが少し不器用なシュージ、可愛いけどいつも鈍感なチセ。ようやく恋を始めようと決めた二人は、宿命の苦しみを背負わなければならなかった。 最終兵器に改造された彼女は、身体の異変に耐え、守るために破壊せねばならない苦痛に耐えながら、シュージとの恋を懸命に続けていく。 彼女の痛みを目の当たりにしながら無力な彼は、この脆い恋を守るために必死にもがき続ける。 周りの友人たちが次々と死んでいく中、守りたい、一緒に生きたいという想いが二人を強く結びつける。二人は、心を込めて末世の恋の旋律を奏でていく。 私たちも寄り添い合って生きていきたい…… 地球最後の音…… それはまるでチセの鼓動のよう…… この星と私たちが最後に精一杯奏でる歌声…… ラブソング…… 私たちはこれからも愛し合っていく…… 生きていく……