物語の舞台は遠い未来、そこは地球かもしれないし、地球ではないかもしれない。長い戦争が終わった後、多くの侍は悪事を働く野武士へと堕ちていった。神無村は白米が豊富に取れる村で、毎年収穫の時期になると、野武士が村にやって来ては村民が苦労して育てた白米を奪い去り、反抗する者は容赦なく殺害していた。村民は機械化された野武士に反抗する力もなく、ただ彼らの略奪に任せるしかなかった。白米だけでなく、野武士は気ままに女性たちも拉致していく。村民はついに我慢の限界に達し、武士を雇って野武士に対抗することを決意する。農民の利吉、「水の巫女」の雲母とその妹の小町が神無村の代表として街へ向かい、武士を探すことになる。神無村には金がなく、武士への報酬は白米のご飯しか用意できない。武士を見つけるのは容易ではなく、数多い野武士を倒すには、少なくとも七人の武士を見つけなければならない。 　　本作は、1954年に黒澤明監督によって制作された映画『七人の侍』を原作としており、映画公開から50年後にあたることを記念してアニメーションとして制作された。資料によれば、『SAMURAI 7』全編の制作には約7億円が投じられたという。