1969年、人類は科学という偉大な力を手に入れた。一方では破壊のための軍備拡張を進め、他方では生産のための経済発展を推し進めるという矛盾の中にあった。その矛盾を捉えるかのように、未知の敵「インベーダー」が現れた。インベーダーに対抗するため、人類は密かに地球防衛機構AEGISを組織した。国連の指揮のもと、地球防衛の最終防衛線として、特殊能力を持つ戦士「ゲートキーパーズ」が集結した。 ある日、ごく平凡な高校生・浮矢瞬の眠っていたゲートキーパーの能力がAEGISに発見される。そして彼は特殊遊撃部隊の隊長に任命された。少年の能力が目覚める時、新たな戦いの物語が始まる。