「天下覇道の剣」と称される天生牙、叢雲牙、鉄砕牙は、それぞれ天・地・人三界を司り、かつて全てが犬夜叉の父・闘牙王の所有であった。闘牙王は人間の姫・十六夜と恋に落ち、犬夜叉を授かるが、この行為は十六夜に思いを寄せていた武将・刹那猛丸の嫉妬を招いた。重傷を負った闘牙王は天生牙で猛丸に殺された最愛の人を蘇らせ、直ちに猛丸と決戦に臨む。激闘の末、闘牙王の命は尽きようとしていた。彼は冥加に命じ、天生牙と鉄砕牙をそれぞれ殺生丸と犬夜叉に与えさせ、邪悪で強大な力を秘めた叢雲牙は永久に封印された。 　　数百年後、叢雲牙は食骨の井戸を通じて現代に現れ、封印の束縛から解き放たれる。それはまず犬夜叉の心身を支配し、戦国時代に戻って殺生丸と激闘を繰り広げた。危機に際し、かごめの力によって叢雲牙は犬夜叉の体から離れることを余儀なくされる。しかし、それはすぐに新たな器を見つけ、しかも白骨と化していた刹那猛丸を再びこの世に呼び戻し、闘牙王の二人の息子への復讐を開始する……