魔法界には古くから伝わる伝説がある——100年に一度現れる伝説の石「願いの石」に選ばれた者は、どんな願いも叶えられるという。ある日、プリキュアたちは魔法界でこの大いなる時を祝う盛大な祭典「大魔法祭」に出席することに。ところが祭典で願いの石に選ばれたのは、なんと未来のぬいぐるみのクマ・モフルンだった。その瞬間、謎のクマ・ダークマターが突然現れ、モフルンと願いの石を奪い去る。彼は願いの石を使って「すべての魔法使いを消し去る」という悪だくみを企んでいた。モフルンを救い、ダークマターの陰謀を阻止するため、プリキュアたちは動き出す…