家族の試練を果たすため、少年シュウは単身、神魔聖戦の地に聳える極学院へとやってきた。学院では全ての生徒に、武器システムを起動可能な学級手袋が支給される。その手袋を用いて、生徒たちは絶えず修行を重ね、やがて時空操作や瞬間移動といった強大な領域力を悟る機会を得る。しかし、この弱肉強食の学院には、魔族の生存者たちも潜入していた。彼らの影は暗闇の中で蠢き始める。そして、領域の頂点を目指す極学の旅路の中で、シュウは次第に、自らの出生に隠された驚くべき秘密を発見していく……