かつて、影の天使と呼ばれる種族が、この星に住まう全ての命のエネルギーを収穫するため、地球を襲った。とんでもない奇跡のおかげで、影の天使は休眠状態に陥り、人類は1万2千年もの間、彼らの存在を恐れることなく生き延びることができた。しかし、「聖なる創世」と呼ばれる大災厄が地球に壊滅をもたらしてから11年後、影の天使は眠りから覚め、再び攻撃を開始した。 人類にわずかな希望を与えるため、DEAVAという組織が結成され、アクエリオンというロボット兵器の使用が許可された。アクエリオンが真の力を発揮するには、三人のパイロットが心と身体、魂を一つに合わせなければならない――成し得る者はごく僅かだ。そこで、いわゆる「エレメント使い」の発見が最優先され、人類の未来を守る望みが託された。 『創聖のアクエリオン』は、貧困の中で野生同然に育ち、伝説の英雄の転生と信じられる青年・アポロの物語を描く。親友を影の天使に奪われた後、アポロはアクエリオンのパイロットとなることを決意する。果たして彼は戦況を逆転させ、人類を影の天使の脅威から永遠に解放することができるのか？