西暦2029年、地中海で大規模な地盤沈下が発生した。酸素、炭素、金、モリブデン、コバルトなどの元素が、突如として地殻から消滅した。人類は60年で90％減少した。研究者たちは、消えた元素が異次元に存在する惑星「ネガアース」へ流出していることを突き止める。地球を救うため、「エレメントハンター」と呼ばれる特殊チームが結成される。その全メンバーは13歳以下である。なぜなら、「ネガアース」にアクセスするには、若く柔軟な脳が必要だからだ。