海人族のマリンと妹のウリンは、海底で美しい銀の指輪という不思議なものを偶然見つける。心優しいマリンは持ち主に返そうと決め、水面の世界へ行ったきり戻らなかった亀の長老の話を思い出して渋るウリンを無理やり連れ、空の世界へ向かう。指輪の持ち主・宮森カノンを見つけた二人は、彼女がその日に振られた彼氏への仕返しに指輪を海に投げ捨てたことを知る。 「こんな素敵なものを捨てるなんて」とマリンが訴えるも、カノンは再び指輪を捨ててしまう。指輪を探すうちにはぐれたウリンは、誤って石棺の封印を破り、邪悪な存在セドナを解き放ってしまう。セドナの解放を感知した行方不明だった亀の長老・松本は、カノンたちの前に現れ、マリンを「海の巫女」と名指す。彼女は「空の巫女」と力を合わせれば、再びセドナを封印できるという。そして運命のように、セドナの手下との遭遇の中で、カノン自身が「空の巫女」であることを知る。ためらいつつも、カノンとマリンは、世界を脅かす邪悪から守るため、共に戦うことを決意する。 [Written by MAL Rewrite]