物語は、リサとローナがeX-D機関に加入する数年前、今から100年後の未来世界が舞台。人々はコンピューター制御の電気自動車「AIカー」を運転し、自動的に目的地へと連れて行ってもらう世界。しかし、あるAIカーが不可解な暴走を始める。今、元D機関のメインドライバーであるニーナとレイは、邪悪な陰謀と罠が待ち受けるAIカーの謎を解き明かさなければならない…