最上瞬太はバトルスピリッツが大好きな少年。ある日、バトルスピリッツカードから放たれた光に包まれ、すべてのバトルスピリッツの起源である「スピリッツワールド」へと飛ばされてしまう。そこで出会った少女・エトは、瞬太をスピリッツワールドへ召喚したのは自分だと告げる。かつてスピリッツワールドの破滅を企て、倒されて封印されていた邪神皇が復活を遂げ、世界の滅亡が迫っているという。別の世界からやってきた、緑のデッキを使う自信家の青年・ヨク・アルバトロサと共に、瞬太は邪神皇を封印した十二体の神皇を探す旅に出る。