物語は、あらゆる事象がプログラム化された世界が舞台。謎のモンスター「プロミン」が世界を維持している。しかし、多くのプロミンは「バグミン」と呼ばれるバグへと変貌し、世の中の様々な現実のバグの原因となっている。このまま放っておけば、やがては大きな問題へと発展するかもしれない。少年ユウトは宇宙犬ワンダと出会い、カメラのようなデバイスとキーアイテムを使ってバグミンを捕獲していく。プロミン自体は「カミワザ」（奇跡）と呼ばれる能力で「物体を加速させる」「火を噴く」「物体を作り出す」などのことが可能で、それを使ってバグミンを撃退することができる。最初は小さな迷惑行為でしかなかったバグミンによる事件も、やがては地球規模の脅威へとエスカレートしていく。一人の少年と一匹の犬は、世界を救うことができるのか？