ヤマトを隊長として、うずまきナルト、春野サクラ、サイは、楼蘭遺跡の地下に眠る古代チャクラ「龍脈」を狙う逃亡忍者ムカデの捕縛任務に就く。龍脈は四代目火影によって封印されていたが、一行はムカデがその力を解き放つことを阻止できなかった。その結果、強力なエネルギー奔流が、脱出する間もなくナルトとヤマトを飲み込む。 目を覚ましたナルトがそこに見たのは、壮麗ながらも危険な王国。彼はそこで若き女王サーラと、極秘任務中の木ノ葉隠れの忍び三人と出会う。彼らから告げられたのは、ナルトが20年前の楼蘭へと時を越えてきたという事実だった！さらに事態を悪化させるように、ムカデは既に宮廷に潜入し、無邪気な女王の最も信頼する大臣・安禄山として暗躍していた。 三人の忍びと力を合わせ、ナルトは悪党の計画を阻止し、現代へ帰還するため、女王サーラの命を必ず守り抜かねばならない。 [Written by MAL Rewrite]