菜ノ花自由はいつものように竹林を抜けて学校へ向かう途中、流浪の武士のような怪しい人物に出会う。自らを小田豪鯉之助と名乗るその男は、自由を大変気に入ったらしく、あの手この手でハート型の眼帯を彼女に渡そうとする。仕方なく眼帯を受け取ったものの、自由は特に気にも留めず、相変わらず友人たちとの楽しい学校生活を送っていた。しかしある日、柳生十兵衛に復讐を誓う異様な武士に襲われた自由は、危機一髪のところで鯉之助に眼帯を装着される。すると、目の前に現れたのは颯爽とした女剣士――見事に敵を打ち倒した彼女こそ、第二代柳生十兵衛の誕生だった！ 自由を襲ってくる敵は次から次へと現れ、彼らは皆、300年前の十兵衛の宿敵であり、復讐の時を耐え忍び待ち続けてきた者たちだった。自由はそんな生活に嫌気が差すが、憧れの先輩さえも十兵衛の敵となってしまい、仕事に没頭する父親も娘の異変に気づきながら、親子の溝は埋まらない。果たして自由の平穏な日常は、もう二度と戻らないのだろうか？