数千万年前、降臨者と呼ばれる宇宙人が地球に訪れ、生体兵器の開発のために人類を創造し、人類から戦闘を担当する獣化兵と統率を担当する獣神将（一名、アカフィル）を開発した。「強殖装甲・ユニット」は本来、降臨者の基本装備であったが、ある日、降臨者が一人の人間に「強殖装甲・ユニット」を装着させたところ、装着した人間は降臨者をはるかに超える能力を発揮し、制御不能となった。降臨者は人類に不安定な要素があることを発見し、地球を破壊して他の場所を探すことを決意した。獣神将アカフィルは、降臨者の地球破壊計画を阻止するため反逆を決意し、自らの力で降臨者の巨大隕石を撃破したが、自身も力を使い果たし長い眠りについた。時は流れ、今から400年前にアカフィルは目覚め、降臨者への復讐を果たすため、自らの獣神将クリスタルを分割し、残り十一人の獣神将（11人はそれぞれアカフィルの一部の能力を持つ）を調整し、全世界を陰で支配する秘密組織クロノスを設立し、密かに人類を獣化兵へと調整し続けてきた。現在、日本の魅神山に残された三つの「強殖装甲・ユニット」は、クロノスがどうしても手に入れたい最高の秘密であった。しかし、組織内の一部で人類を獣化兵へ調整することに反対する科学者たちが集結し、獣神将の能力を持つ獣神将試験体を扇動して反乱を起こし、ついに三つの「強殖装甲・ユニット」を奪取することに成功した。クロノスは獣化兵を派遣し、散逸したユニットの追跡と回収を開始した。 ある日、獣化兵が獣化兵試験体によって盗み出された「強殖装甲・ユニット」を追跡・回収しようとしていた際、戦闘中の爆発により「強殖装甲・ユニット」が成沢山に散らばってしまった。平凡な中学生・深町晶は、偶然にも秘密組織クロノスの超生体兵器「強殖装甲・ユニット」を拾い、誤って制御装置を起動させてしまい、カーバーに殖装する能力を得て、最初の殖装体ガイバー1となる。そして世界征服を企むクロノスとの激戦を繰り広げる中、元クロノス日本支部長・巻島玄蔵の養子である巻島顎人と出会い、彼がクロノス打倒を目指すガイバー3であることを知る。ガイバー1と3は、さらに獣神将試験体の村上征樹と合流し、共にクロノス打倒のために戦いを続ける。