バースブルク帝国軍士官学校は、帝国に勝利をもたらすエリートを育成することで知られる。生徒たちは「ザイフォン」と呼ばれる能力を自由に駆使して戦うが、使用可能なザイフォンの種類は兵士の性質によって異なる。 士官学校の生徒であるテイト・クラインは、最も有望な兵士の一人である。過去の記憶を持たない「スクラーフェ」（ドイツ語で奴隷の意）として皆から嘲笑されていたが、同級生のミカゲと親友になる。最終試験の準備中、テイトは自身の過去に関わる暗い秘密を発見する。父を殺した高官アヤナミの暗殺を試みるも失敗し、テイトは罰を待つ身として囚われの身となる。 テイトのためを思ったミカゲは、彼の脱走を助ける。テイトは第七地区教会にたどり着き、そこで司教たちに保護される。ここでテイトは、アヤナミと軍の手から逃れながら、記憶を取り戻し、なぜ自分が世界の運命を変え得る存在なのかを知ろうとする。 [Written by MAL Rewrite]