物語の始まる20年前、小惑星が地球に向かう途中で冥王星を破壊した。冥王星の消滅により、サナトスと名付けられたその小惑星は一時停滞状態となる。今、迫りくる地球の破滅を回避すべく、国際太陽系開発機構（ISDA）は「D計画」を推進し、海底で発見された龍の卵を基に「ドラゴノート」を開発する。この兵器の主要目的は、時到来たる際に小惑星を破壊することである。しかしやがて、彼らは小惑星だけが脅威ではないことに気付く。破壊を欲する強大な龍のような生物が、地球上に現れ始めたのだ。 2年前のシャトル事故で家族を失った孤独な18歳の少年・神科陣は、その生物による殺人を目撃したことで、龍の謎に巻き込まれ、ドラゴノートの選定パイロットとなる。彼の旅を助けるのは、謎の少女・トアである。彼女は生物に襲われ落下死しそうになった陣を救った。龍の謎に深く関わるにつれ、二人は新たな仲間や敵と出会い、また互いの関係をより親密なものにしていく。 (出典: Wikipedia)