松本零士原作の、あの「銀河鉄道999」の前話にあたるともいえる作品。時は30世紀末、地球は機械化人に支配され、自由を求めるハーロックのような者達は疎んじられるようになる。討伐を命じられた地球軍独立艦隊司令官ウォリアース・ゼロだが、彼もまた造反の危惧を抱かれ、艦のクルーは地球人と機械化人の混成に。若き日のハーロックの他、トチロー、エメラルダス、そしてメーテルが、ゼロとの出会いで未来への希望を見つける…。