各国に分割統治された中世の神州・日本。その上空を八隻からなる都市艦“武蔵”が航行していた……遥か未来。「重奏統合争乱」を経て、人類の命運を繋ぐ「聖譜」を原本とした歴史の再現を執り行う各国。そして、戸惑いと決意を胸に未来を切り拓く人々。重なり合う中世世界を舞台に、学園国家間の抗争が今、幕を開ける！