主人公の高町なのはは、ごく普通の小学三年生の女の子。友達と一緒にいつものように塾へ向かう途中、異世界ミッドチルダから来たフェレットのユーノ・スクライアと出会う。彼はテレパシーでなのに、この世界に来た理由は、自分が発掘した太古の遺産（並行次元の高度文明の遺産）「ジュエルシード」を回収するためだと告げる。ジュエルシードの暴走で街が破壊されるのを防ぐため、なのははユーノに代わって回収を決意する。しかし、これはただ一連の事件の始まりに過ぎなかった。彼らは、同じ目的でジュエルシードを回収するために現れた、謎の金髪少女魔導師と出会う。彼女の正体とはいったい……