巨大企業ダイダロス・グループが、イカロスの亡霊と名乗る少数の活動家グループから攻撃を受けていた。爆撃の被害者の治療にあたる中、ブラック・ジャックは「死の化身」と呼ばれる医師・キリコと出会う。彼もまた莫大な治療費を請求するが、患者を救う代わりに苦痛のない死を提供していた。活動家グループが二人の医師の協力を要求したことで、ブラック・ジャックは患者の命を救い、人類を滅ぼす可能性のある生物戦争の勃発を防ぎながら、生と死、そして裏切りが渦巻く局面に巻き込まれていく。