スーパースパイは生まれつきじゃない…彼らは――孵化したのだ。世界規模のスパイ大作戦で、リーダー（スキッパー）、コワルスキー、リコ、プライベートという、史上最高に偉大で、最高に笑えるスパイペンギンたちがどんな秘密を隠しているのか、ご覧あれ。エリート中のエリートである彼らは今、洗練されたスパイ組織「ノース・ウィンド」と協力している。この組織はハンサムで背の高いエージェント（ベネディクト・カンバーバッチ声優）が率いている。彼らは力を合わせて悪の天才ドクター・ブライアン（ジョン・マルコビッチ声優）を倒し、世界破滅を阻止しなければならない！