第一話に登場した少女ウェンディは今や大人になり、二人の子供の母親となった。彼女は幼い頃、ピーターパンとネバーランドで過ごした冒険の物語を子供たちに語る。少年ダニーはそれを信じるが、少女ジェーンはそんな不思議で夢のような場所があることをどうしても信じようとしない…。しかし、フック船長は相変わらずピーターパンに恨みを抱き、彼をおびき出すため、ウェンディの娘ジェーンを連れ去る。狡猾な海賊フック船長にネバーランドへ誘拐されたジェーンの前に、ピーターパンと妖精ティンカーベルが現れる…。こうしてジェーンは伝説のピーターパンはもちろん、妖精ティンカーベルや迷子の少年たちといった仲間たちと出会う…。夢が決して消えることのないこの国で、彼女の不思議な冒険が始まる。しかし、果たして誰が彼女を温かな家へと送り届けることができるのだろうか？