主人公・羽丘芽美は中学二年生の女の子で、スポーツが得意です。芽美の親友・深森聖良は見習いシスターで、放課後に教会で人々の悩みを聞いています。多くの人々が、本来自分たちのものである物品を取り戻したいと願っています。聖良はそれらの願いを芽美に伝え、芽美は怪盗「怪盗セイント・テール」に変身して、それらの人々の願いを叶えます。怪盗セイント・テールの動機は善良ですが、物品を盗む行為は表面上は窃盗と見なされます。「芽美が怪盗セイント・テールである」という秘密は聖良だけが知っています。 芽美のクラスメイト・飛鳥大貴（飛鳥Jr.；飛鳥二世）はSt. Tailを捕まえたいと強く願っており、市長の許可を得て、怪盗セイント・テールに対抗するために警察を動かすことができます。しかし、彼は怪盗セイント・テールの正体を知りません。芽美は飛鳥に好意を抱き、行動前に飛鳥に挑戦状を送り、準備をさせることさえあります。飛鳥は懸命に努力しますが、一向に怪盗セイント・テールを捕まえることができません。 第13話で、怪盗セイント・テールは魔鏡を盗む必要があり、その魔鏡は人の正体を映し出すことができます。怪盗セイント・テールが強光の中で魔鏡を照らしたとき、本来の姿が映り、偶然にも飛鳥に見られてしまいます。その後、飛鳥は芽美が怪盗セイント・テールではないかと疑い始めます。 物語の終盤で、飛鳥は誘拐されます。芽美は飛鳥を救うために、怪盗セイント・テールに変身して飛鳥を救うことを決意します。芽美は行動前にいつものように挑戦状を送り、飛鳥に「怪盗セイント・テールが彼を盗む」ことを示し、これが最後の任務となります。飛鳥と芽美は8年後に結婚します。