物語の主な舞台は、東京の練馬区と埼玉県の間に存在すると言われる「虎馬町」。主人公は高校二年生の勝改蔵である。 幼い頃から神童と呼ばれた勝改蔵は、ある日公園で遊んでいたとき、幼なじみの羽美に高いところから地面へ蹴り落とされ、それ以来精神に問題を抱えるようになった。高校時代、学校で科学部の人体模型にぶつかって気絶した後、目を覚ました彼は科学部の部員たちを見て、自分が改造人間に改造されたと深く信じ込む。そして、元天才塾のメンバーとの「戦い」が繰り広げられる日々が始まる。