結城友奈は毎朝起きて、身支度を整え、学校へ通い、授業を受け、部活動に参加し、友達と遊ぶ……彼女はそんなごく普通の日常を送る中学2年生だ。 敢えて特別なところを挙げるなら、彼女が所属する部活が「勇者部」であること。部活動の内容は？不可思議な存在「Vertex」とは？ 神世紀300年、少女たちの物語――。