この世界には、自らを「魔女」、あるいは「魔法少女」と呼ぶ人々が存在する。彼女たちは社会に溶け込むため、その力を隠して生きている。長きにわたり、その先代たちがそうしてきたように、人間と共存する日々を送ってきた。砂沙美は生まれつき魔力を持っていた。しかし三歳の時、両親から生来の力を使うことを禁じられ、それ以来、その力を秘め続けてきた。新学期の初日、新任教師の輪従が転任してくる。その日から、砂沙美の運命は大きく変わり始める。