第3シーズンでは、スパイダーマンはアベンジャーズに加入するが、最終的に離脱してS.H.I.E.L.D.に復帰する。その後、ヴェノムはフラッシュ・トンプソンと結合してエージェント・ヴェノムとなり、ニック・フューリーはスパイダーマンに他の若きヒーローを募り、ニュー・ウォリアーズを結成するよう命じる。メンバーは、カ・ザール、ザブー、アマデウス・チョー／アイアン・スパイダー、クローク＆ダガーである。ニュー・ウォリアーズはサンダーボルツと戦う中、グリーン・ゴブリンが危険の玉座を持ち逃げし、多元宇宙を旅してスパイダーマンの異なる姿たちからDNAを収集する。彼を追って、スパイダーマンはスパイダーマン2099、スパイダーガール、スパイダーマンノワール、スパイダーハム、スパイダーナイト、マイルス・モラレスと出会い、共にスパイダーゴブリンとエレクトロを倒す。両者が倒され、異世界のスパイダーマンたちが帰還した後、グリーン・ゴブリンはノーマン・オズボーンに戻り、記憶喪失となり、グリーン・ゴブリンとしての記憶を失う。その後、スパイダーマンとチームは、アルニム・ゾラと対峙しながらS.H.I.E.L.D.アカデミーでの教育を開始する。間もなく、メイおばさん、エージェント・ヴェノム、アイアン・スパイダーはスパイダーマンの正体を知ることとなる。