不死身のスコットランド人ハイランダー、コリン・マクラウドは、軽口をたたく幽霊アメリガンと共に、何世紀も前にケルトの平原でコリンの恋人を殺した不死身の暴君マーカス・オクタヴィウスを追う。かつて偉大な都市ニューヨークは今、水没しており、海上にそびえ立つ支配的な要塞はただ一つ、マーカス・オクタヴィウスの要塞だけである。マクラウドは、ニューヨークの生存者を救うことと、宿敵を追い詰めることの間で引き裂かれる。