三門市、人口28万人。ある日、異世界への扉がここに開かれた。異世界からの侵略者「近界民」は、扉周辺の地域を蹂躙し、都市全体を恐怖に陥れた。誰もが都市の滅亡は時間の問題だと考えていたその時、突如現れた謎の集団が近界民を撃退する。境界防衛組織「BORDER」と称される彼らは、この世界に巨大な基地を築き、続々と襲来する近界民に対抗していた。四年後、近界民の空閑遊真が父の知人を探すために異世界から日本へ訪れ、三雲修と出会う。修は近界民の真実を知るため、不慣れな遊真を導き、監視することを決意する。二人の物語は、「BORDER」と「近界民」の戦いの中で展開していく。